Sumpgentiana är spridd längs södra Sveriges kuster men med stora luckor i Blekinge, Småland och Östergötland. Vid havet växer den i kort grässvål på välbetade, artrika, något fuktiga strandängar. Dessutom finns arten i inlandet i Skånes, Västergötlands och Östergötlands kalktrakter samt på Öland och Gotland. Där växer den i kalkkärr, kalkfuktängar och alvarpölar. Lokalen vid Gränna ansluter till förekomster i grannlandskapen. Den var sannolikt ett kalkkärr; hårstarr Carex capillaris växte där vid samma tid.
Inga aktuella uppgifter; tidigare uppgifter från 7 lokaler i 4 rutor, en vid Jönköping Gränna, de övriga i och nära Kalmar Kalmar. – De småländska lokalerna har knappast kunnat hålla sig öppna utan människans inverkan. Sumpgentiana måste därför ses som en gammal kulturföljeslagare i vårt landskap.
Arten sågs senast i början av 1920-talet på flera platser vid Kalmar; förmodligen är den försvunnen nu, men den kan vara förbisedd: den blommar mycket sent och visar sig inte alla år.