Gul näckros växer på liknande platser som vit näckros och ofta tillsammans med den, såväl i näringsfattiga som i näringsrika vatten. I naturligt näringsrika och i eutrofierade vatten är den dock vanligare än vit näckros. Den förmår växa i vindexponerade lägen och i ganska starkt rinnande vatten. Genom långa, grova utlöpare i bottenslammet bildar den oftast stora enhetliga bestånd och växer sällan i blandning med vass och säv.