Vattenmynta är i Norden en variabel art. I Sverige har den delats i två underarter, vanlig vattenmynta ssp. aquatica och strandmynta ssp. litoralis. Den senare är relativt småväxt, mer eller mindre ogrenad, kal eller nästan kal. Den växer vid brackvatten och är begränsad till Östersjöns stränder, i Sverige längs ostkusten från östra Blekinge norrut till Hälsingland. Mest extremt utbildad är den i Gästrikland, där man kan finna helt kala exemplar. Småländska exemplar är mer eller mindre håriga på stjälken (och ibland även på bladen), men utseende och miljö stämmer helt med strandmynta. – Vanlig vattenmynta är vanlig endast i Skåne samt på Öland och Gotland. I övrigt finns den sällsynt på västkusten samt på några få andra platser i södra Sverige.