Flyghavre är vårgroende och ett svårt ogräs i vårsådda grödor, särskilt havre. Artens bekämpning är reglerad enligt lag och sker främst genom att man plockar bort plantorna ur fälten för hand. Odling av vall och höstsådda grödor bidrar också till att hålla tillbaka arten. Den tycks förr i tiden ha varit ovanligare än nu: Scheutz (1864) angav att den förekom här och där ´i medlersta delen´. Spridningen kan därför delvis vara av relativt sent datum. Enligt en lokal tradition i Vimmerby Vimmerby inkom arten vid de stora nyodlingarna i slutet av 1800-talet, när danskt utsäde inköptes (BD). I Tranåsbygden är den å andra sidan numera betydligt ovanligare än på 1980-talet (JJ).