Sjöfräken växer ganska grunt på gyttje-, dy- eller mineraljordsbotten i sjöar, åar och större bäckar. Den brukar bilda en zon innanför säv- och vassbältet, ibland ensam, ibland tillsammans med andra arter. I mera näringsrika vatten anträffas den ibland inne i och rentav utanför vassbältet. I sjöarnas och åarnas översvämningszon uppträder den ofta i stora bestånd. Arten återfinns även i strandängar, kärr med översilande eller stillastående vatten, laggkärr och dråg, i myrgölar samt på de gungflyn och mjukmattor, som brukar omge dessa. I kulturlandskapet föredrar den dammar, vattenhål och stora diken.

Växten betas hårt av kanadagäss och kan därigenom mer eller mindre försvinna längs långa strandsträckor (gässen äter stammens nedre, mjuka delar och ratar resten).