Spindelblomster växer nästan endast i fuktig och skuggig granskog eller barrblandskog på sluttande mark. Man finner den utmed småbäckar, vid källor, i fuktdrag eller i småsänkor med svagt rörligt grundvatten. Den växer i regel i mattor av granvitmossa Sphagnum girgensohnii med ett sparsamt inslag av örter och ormbunkar. Ofta finns även korallrot Corallorhiza trifida och lopplummer Huperzia selago i grannskapet, i näringsrikare miljöer också dvärghäxört Circaea alpina. Österut kan man även finna spindelblomster i laggens kant mot tallmossarna och i gränsen mellan mosse och grundvattenpåverkat gungfly ute vid gölarna. I skärgården kan den ibland påträffas i öppet läge på mosstuvor. Arten uppträder oftast enstaka.