Pärlhyacint är ursprunglig i mellersta och sydöstra Europa samt Mindre Asien. Som prydnadsväxt har den gamla anor – den fanns vid Linnés barndomshem i Älmhult Stenbrohult (Linné ms 1732 under namnet Muscari flore globoso, på svenska drufhyacint). Arten upptogs bland de i Småland ofta odlade av Scheutz (1864), vilket fortfarande gäller, även om den i nya trädgårdar numera har ersatts av armenisk pärlhyacint M. armeniacum.

Pärlhyacinten är en av de arter som länge står kvar vid ödetorp och i övergivna trädgårdar. Den anträffas förvildad kring avfallsplatser, längs vägkanter, i slänter och lövsnår samt på hällmark. Inte sällan finner man den spridd ut i ängar och hagar. Bestånden kan vara rikliga, men massförekomster av den typ som är kända från sandiga åkrar på Öland och Gotland (se t.ex. B. G. Johansson 1998) har inte rapporterats från Småland.