Bergrör växer på torr, gärna grusig eller sandig mark. Man finner arten på steniga och grusiga stränder både vid havet och vid sötvatten, på berghyllor, i sandiga tallsluttningar och gles, blockig löv- eller blandskog. I kulturmiljö anträffas den särskilt på vägkanter och banvallar. Den har ökat framför allt genom vägbyggena men också på grund av upphörande skogs- och hagmarksbete och troligen genom kvävenedfallet. På en del för natur- eller kulturminnesvården värdefulla platser börjar den dominera allt mer, vilket är bekymmersamt på grund av artens storlek och förmåga att bilda täta bestånd.