Kärrsälting växer på fuktig eller våt, åtminstone någorlunda näringsrik, gärna översilad mark. I inlandet finner man den i närheten av källor, i översilningskärr, på mader och sjöstränder samt ibland på gungflyn. Oftast påträffas den i naturlig betesmark, men man kan också finna den i skogsmark samt i diken och på annan blottad mark. På havsstrandängar föredrar arten vikarnas inre, utsötade delar eller platser med sötvattensutflöde. – I skuggiga, översilade miljöer uppträder ibland rika vegetativa bestånd, som röjer sin närvaro genom att utsända en karakteristisk, saltaktig doft vid passage.

I inlandet minskar arten genom att betade fuktängar blir allt ovanligare.