Brunskära växer, ofta i stora och täta bestånd, på fuktig eller våt, närings- och kväverik jord. Den uppträder i kanterna av leriga dammar och diken, i fuktsvackor på betesmark samt på dyiga, tidvis översvämmade sötvattensstränder. Den kan växa i åkrar på platser med stagnerande fuktighet. Någon gång kan arten också anträffas i källdrag, i dikade lövkärr eller i hällkar i skärgården.
Funnen i 1104 rutor; tidigare uppgifter från 200 rutor. Vanlig i stora delar av landskapet men bara ganska vanlig längst i väster, i östra Kronobergs och Jönköpings län, och sällsynt i nordväst. – Ursprunglig.