Arten är i Sverige känd från Öland och Gotland samt i ett bälte från Bohuslän till Uppland; den är överallt sällsynt. Det är en taxonomiskt besvärlig art vars variation ännu inte är helt utredd.
Funnen i 1 ruta (se primäruppgift); inga tidigare uppgifter.
Smalfjällig strandmaskros betecknas som starkt hotad på den svenska rödlistan (Gärdenfors 2005).