Aklejruta anses ursprunglig i södra Sverige (Skåne, Blekinge och södra Småland) på frisk–fuktig och mullrik mark i skogsbryn, lövskogar och utmed källdråg. Den odlas ibland och kan sprida sig ut på fuktiga, något skuggiga marker. Aklejruta finns felaktigt angiven för Öland.