Fläcklungört är en sydlig och värmekrävande art som i Sverige anses ursprunglig i södra delarna av Skåne där den växer på väldränerad mark i lövskogar. Det finns en del fynd från övriga Sverige där den kan vara spridd från odling. Ett belägg från Öland har inte gått att granska. Kanske är det i stället mörk lungört P. obscura som förr ansågs vara en underart av fläcklungört.