Bäckveronika förekommer i långsamt rinnande eller stillastående sötvatten på naturliga lokaler som bäckar och källor. Men vanligare är den i kulturskapade miljöer som diken, kanaler, grävda vattenhål och dammar. De flesta vattenflöden på Öland torkar mer eller mindre ut under försommaren men det klarar bäckveronika av. Betade fuktängar, skogskärr och sumpskogar, ofta med klibbal, är andra ställen där den hittas. Ibland är den påträffad i fuktiga åkerhörn, i botten av sandtag och i svackor på skogsvägar. Vid sötvattensutflöden på havsstränder kan bäckveronika växa direkt i sanden eller på tångvallar.

Utbredningen visar luckor främst på sydöstra Öland, delar av Stora Alvaret och socknarna norr om Borgholm upp till Löttorp, Högby sn. Dessa luckor ser man även på kartan i Sterner (1938); på kartan syns även alla källflöden längs västra landborgen där bäckveronika förr växte. Uppgiften i Sterner (1986) att bäckveronika, med ett undantag, helt saknas på alvaren stämmer inte. Under inventeringen har den hittats på ett 15-tal lokaler på Stora Alvaret där den växer vid källor, grävda vattenhål och i fuktängar. Sammantaget förefaller bäckveronika vara något mer frekvent idag än tidigare inventeringar visat. Växten har kunnat kolonisera nyskapade miljöer som sprängda vattenhål i betesmarker men bedöms ha minskat i naturliga källflöden när dessa sinat i den allmänna torrläggningen av landskapet. Jämfört med Sterner (1938) är statistiska analyser motstridiga med en antydd minskning (Frescalo) och en antydd ökning (Telfer); vår bedömning är en liten ökning.

Gammal, bofast.