Ålgräs växer i brack- eller saltvatten och klarar salthalter på 5–40 ‰ (Schou m.fl. 2017). Den föredrar klara, näringsfattiga vatten med bra siktdjup där den kan gå så långt ner som till tio meters djup. I Östersjön är det ovanligt att ålgräs hinner blomma och sätta frö. Arten får därför förlita sig till vegetativ spridning vilket går mycket långsamt.

Ålgräs är under inventeringen främst funnen på driftvallar varför den verkliga utbredningen är osäker. Den är funnen i 67 av kustrutorna och saknas således bara i fyra, de flesta av dessa rutor har en mycket kort kuststräcka. Ålgräs anges i Sterner (1938) som rikligt förekommande främst längs kusten av Kalmarsund, mer sparsam längs östra kusten. Även idag finns rika förekomster i Kalmarsund enligt undersökningar gjorda av Länsstyrelsen. Detta avspeglas i de stora driftvallar med ålgräs man kan se längs kusten, från Räpplinge sn i norr till Ventlinge i söder. Även på nordöstra Öland finns ålgräsängar. En undersökning 2013 visade att ålgräs där växte till åtminstone fem meters djup.

Ålgräs bildar undervattensängar som är en viktig barnkammare för många djur i havet. Både närsalter, koldioxid och sediment tas omhand av ålgräs som på detta sätt minskar övergödning och ger klarare havsvatten. Friska bestånd av ålgräs kan växa på bottnar med dålig syrehalt där giftig vätesulfid riskerar att bildas. Det löser växten på ett elegant sätt genom att transportera ner syre till rotsystemet så att bildningen av vätesulfid uteblir (Moksnes 2009).

På 1930-talet försvann stora delar av ålgräsängarna, så även i Sverige, där främst västkusten drabbades medan Östersjön klarade sig bättre. Orsaken var troligen angrepp av en encellig organism (protist = räknas varken till grupperna svampar, växter eller djur) i släktet Labyrinthula (Havs- och vattenmyndigheten 2017).

Gammal, bofast.