Knottblomster växer på kalkrika, våta lokaler som alkärr, sumpskogar och gungflyn i rikkärr. Den förekommer från Dalsland och Östergötland, vidare norrut till Jämtland och Ångermanland samt längs Norrbottens kustland. Förr fanns den på Gotland. Den är felaktigt uppgiven för Öland (Landwehr 1977).