Huvudarun växer på frisk, sandig mark med för övrigt glest växttäcke. Liksom flockarun C. erythraea var. erythraea är den en opportunist som dyker upp i åkerkanter, nygrävda diken och i botten av fuktiga sandtag. Den växer även på betade, sandiga strandängar med gles och lågvuxen vegetation och ofta ses den tillsammans med flockarun.
Huvudarun har alltid varit sällsynt på Öland. På 1920-talet växte den i sandiga åkrar vid Stora Rör och Rälla (Högsrum sn) samt Linsänkan (Glömminge sn). Efter 1970 är den endast funnen i de nordliga socknarna Högby, Persnäs och Föra. Den kan tillfälligt förekomma vid röjningar i betesmarker, dikesgrävning och andra aktiviteter som blottlägger fuktig, bar sand. Jämfört med Sterner (1938) ses en tydlig minskning i statistiska analyser (Frescalo och Telfer).
Huvudarun är ytterst ovanlig i Sverige och har endast aktuella fynd från Öland. Den var populär bland forna dagars botanister. Drygt 250 belägg finns i de offentliga herbarierna, en del herbarieark är helt tapetserade med arten.
Gammal, bofast.
Första fynd
PRIMÄRUPPGIFTER. Högby: Bäck A. V. Thorén 1872 (LD). Årtalet är otydligt skrivet och skulle kunna vara 1870 (se Sterner 1986) men andra belägg samlades 1872 på Öland av Thorén varför detta årtal är troligast. Med Bäck avses troligen Binnerbäck eller Bäckalund där huvudarun än idag påträffas. Först publicerad: Wittrock (1884) "Öland".
Utbredning
Funnen i 4 rutor = 4 %; sällsynt = 2 socknar (ej återfunnen Böda, Källa, Föra, Högsrum och Glömminge).
Sterner 1938 funnen i 13 rutor = 14 %; tämligen sällsynt = 7 socknar; Sterner 1986 sällsynt (aktuella fynd från Högby, Persnäs och Föra).
Förändring: Minskande --
Lokaler
Högby: Bäckalund 900 m NO, tallbryn 634399 157024 GW 2010 (eget foto) conf. UBA; Binnerbäck 900 m NNV, fuktig grusplan 634384 157049 GW 2010; Glabo 500 m norrut, sandig åker 634363 157459 GW 2010 (OHN) conf. UBA; Munkegård 400 m NO, ängsmark 634096 157488 GW 2015 (S) conf. UBA; Dödevi strand, gammalt sandtag 634090 157630 UBA & TGn 1995, kvar och senast sedd 2013; Munketorps strand, vid dike 634014 157655 UBA & TGn 2000; Munketorps strand, sandig betad strandäng 633987 157658 UBA & TGn 2000; Sandbybadet, fuktigt dike och i svackor på stranden 633941 157482 och 633926 157485 UBA & TGn 2003, kvar 2012; Bodudden strax norr, om vid grindhål 633905 157482 GW 2011 (eget foto) conf. UBA. Persnäs: Kilen 400 m ONO, frisk betesmark 633181 156815 ÅW 2015 (OHN) conf. UBA; Kilen västerut, lite glesare vall 633192 156740 ÅW 2018 (foto AP) conf. UBA i fält; Adolfsro 600 m OSO, alvartorräng 633026 156627 ÅW 2017 (foto AP) conf. UBA; Gunnarstorp SV, äldre träda och betesmark 633010 156697 ÅW 2021 (foto AP) conf. UBA.
Fynd 1986–1999:
Högby: Munketorps strand norr om talldunge, betad strandäng 634032 157650 UBA & TGn 1998. Föra: Föra gamla järnvägshållplats väster om Bertil Lundgren 1974, återfynd i sandig nyröjd betesmark 632278 156394 UBA & TGn 1999, ej återfunnen 2002.
