Vattenmöja växer i grunt, stillastående eller långsamt rinnande, måttligt näringsrikt sötvatten, gärna på vegetationsfri och lerig botten. På Öland är många växtplatser tydligt kalkpåverkade och torkar sällan ut helt. Lokalerna är ofta kulturpåverkade som sprängda eller grävda vattenhål, dammar, större vattenfyllda stenbrott, kanaler och diken men vattenmöja växer även i naturliga miljöer som alvarvätar och skogskärr.

Vattenmöja växer främst på Stora Alvaret, östra sjömarken och inom delar av Mittlandet. Den är ovanlig längs västra sidan, mellan Persnäs sn och söderut till Glömminge där västra stenkusten nästan gapar helt tom. Eftersom Sterner (1938) inte urskilde grodmöja går det inte att dra några säkra slutsatser om eventuella förändringar i utbredningen hos vattenmöja. Några direkta hot kan inte ses med tanke på alla vattenhål som tillskapas i landskapet för att tillfredsställa betesdjurens törst.

Vattenmöja med bredflikade blad kan förväxlas med sköldmöja R. peltatus. Sköldmöja skiljs på att de bredflikade bladen är njurlika med en stor öppning (> 120˚), den är storblommig (kronblad 8–14 mm långa och 5–10 mm breda) något överlappande vilket gör foderbladen knappt synliga, fruktskaft längre än sitt stödblad, nektarier päronformade och ståndarknapp 1–2 mm.

Hos vattenmöja har de bredflikade bladen en mindre öppning (< 120˚) vilket gör dem mer rundade, kronbladen mindre (6–10 mm × 3,5–7,5 mm) de möts i kanten men är inte överlappande och foderbladen syns tydligt emellan, fruktskaft kortare eller knappt lika långt som sitt stödblad, nektarier koppformade och ståndarknappar 0,6–1,2 mm (Jonsell 2001).

Gammal, bofast.