Mörk dunört växer på frisk–fuktig, något kalkfattig mark, gärna med rörligt grundvatten. Den vill ha öppen jord och gynnas av betesdjurens tramp. De få aktuella fynden är gjorda i betade kärr, fuktiga skogar med källflöden, åkerren och längs dike. Mörk dunört ses till skillnad från andra arter i släktet sällan i ruderatmiljöer men är tillfälligt funnen i kanten av en nygjord cykelväg.

Mörk dunört är idag en sällsynt växt på Öland. Många av de äldre lokalerna på västra sidan, från Glömminge sn och söderut till Mörbylånga, är numera bebyggda eller igenväxta när betesdjuren förvunnit. Kalkfattiga miljöer med källflöden är ovanliga och mycket skyddsvärda på Öland. Mörk dunört har inte anammat de ruderatmiljöer som erbjuds som alternativ. Endast fynd med godkända belägg redovisas på utbredningskartan. Jämfört med Sterner (1938) ses en tydlig minskning i statistiska analyser (Frescalo och Telfer).

Mörk dunört kan förväxlas med grådunört E. lamyi och kantdunört E. tetragonum men mörk dunört har alltid några glandelhår nära basen på foderbladen vilket de andra två saknar.

Gammal, bofast.