Kärrknipprot växer solöppet på fuktig, kalkrik mark, gärna med rörligt vatten. Ofta bildar den större bestånd genom den rikt förgrenade jordstammen. Kärrknipprot ses i tuviga kalkfuktängar, vid skogskärr, större alvarträsk och utmed källflöden. Orkidén gynnas av mänskliga aktiviteter och dyker upp på botten av gamla sandtag och vid grävda vattenhål. Sällsynt förekommer den i slåtterängar, på gungflyn och utmed diken. Den missgynnas av måttligt–hårt bete men klarar ett visst mått av igenväxning.

Kärrknipprot är vanlig inom Mittlandet. Den är också relativt frekvent i östra sjömarken, från Sandby sn och norrut. På Stora Alvaret är den ovanlig och ses främst vid de större träsken. Som förut saknas den på sydligaste delen av ön och blir ganska sällsynt norr om Borgholm. Sammanfattningsvis förefaller arten hålla ställningarna hyfsat på Öland men den bedöms liksom många andra växter ha drabbats när landskapet dränerats. Rikard Sterner har inga noteringar från Stora Alvaret men betestrycket var då betydligt högre vilket missgynnade orkidén.

Sällsynt förekommer blommor som saknar de rödbruna teckningarna och därför går i gulvitt f. ochroleuca. Det är noterat vid några tillfällen under inventeringen.

Gammal, bofast.