Storjungfrukam växer på sandig–grusig, något näringsrik och ofta kalkpåverkad mark som är blottad och fri från konkurrens. Växten är fortfarande vanligast som åkerogräs, helst i sandiga och företrädesvis höstsådda åkrar; nästan hälften av fynden är gjorda i åkermiljö. När grödan är skördad fortsätter storjungfrukam att växa till och kan då lättare hittas i stubbåkern. Arten är även vanlig i slitna gräsmattor, på grusplaner och som rabattogräs. På flera campingplatser har växten noterats, ofta där turisterna slagit upp sina förtält. Grässvålen är där mycket gles och lämpar sig för den konkurrenssvaga växten. Även i betesmarker dyker storjungfrukam upp, främst på kreatursstigar där vegetationen är gles. Ibland ses den i ruderatmiljöer som på tippade jordhögar.

Storjungfrukam är fortfarande en relativt vanlig växt på Öland, speciellt på sydvästra delen av ön och inom Mittlandet. Jämfört med kartan i Sterner (1986) förefaller dessa områden idag hysa fler förekomster liksom socknarna norr om Borgholm. Endast delar av sydöstra Öland gapar idag nästan tomma på fynd. Lägg särskilt märke till hur de tidigare rika förekomsterna i Sandby sn inte kunnat återfinnas. En anledning är att jordbruket på denna del av Öland är koncentrerat på mjölk- och köttproduktion; i vallar och fodermajsåkrar växer inte storjungfrukam. Sammantaget en viss minskning främst som åkerogräs jämfört med Sterner (1938). Storjungfrukam har dock förmått hitta nya miljöer (campingplatser och glesa gräsmattor) vilket inte var känt i Sterner (1986). Jämfört med Sterner (1986) antyds en ökning i statistiska analyser (Telfer).

Gammal, bofast.