Mörk lungört växer i ädellövskogar på frisk, mullrik mark. Men den ses även i hässlen, blandskogar med inslag av tall och i rena aspbestånd; några lokaler är extensivt betade. Växten förefaller gynnas när försiktig röjning sker av skogsbestånden. Övergivna, igenväxande betes- och åkermarker omgivna av lövskog intas ibland av sammanhängande mattor med mörk lungört. Vägar som löper genom lövskogar kan i maj månad kantas av en bård med blommande plantor. Sällsynt är växten hittad i slåtterängar med glesare trädbestånd.

Mörk lungört är en karaktärsart för ädellövskogar inom Mittlandet. Växten är också spridd i kustskogarna väster om väg 136, från Borgholm i norr till Ventlinge sn i söder. Mörk lungört växer gärna på platser med rörligt grundvatten. Vattenföringen på västra Öland går från krönet av västra landborgen och västerut genom de kustnära skogarna vilket kan förklara växtens preferens för dem. På sydöstra Öland saknas arten nästan helt och är där endast funnen i Asplunden, Hulterstad sn, vilket är ett nyfynd. En viss tillbakagång har troligen skett beroende på att dagens lövskogar är alltför skuggiga och igenväxta för att passa växten optimalt. Dräneringen av landskapet har också varit ogynnsam. Jämfört med Sterner (1938) ses en tydlig minskning i statistiska analyser (Frescalo och Telfer).

Gammal, bofast.