Vattenpilört växer i måttligt näringsrikt sötvatten i bäckar, diken, bevattningsdammar och vattenhål. Den klarar även kalkrika och näringsfattiga växtplatser som större alvarvätar och vattenfyllda stenbrott. Vattenpilört ses i sumpskogar, skogskärr och även betade eller ohävdade kalkfuktängar. Landformen av vattenpilört kan växa påfallande torrt i vägrenar, kanten av dåligt dränerade åkrar, på tippade jordhögar, driftvallar eller sandstränder; på de sistnämnda lokalerna gärna vid sötvattensutflöden. Vattenpilört är sällsynt i brackvatten men noterad i vassbälten utmed Grankullavik, Böda sn.

Vattenpilört är vanlig på Öland och spridd i hela landskapet. Endast i de magra barrskogarna i Böda sn ligger fynden glest. Dagens många bevattningsdammar erbjuder lämpliga miljöer för arten och något hot bedöms inte föreligga.

Gammal, bofast.