Knippnejlika föredrar torra och varma växtplatser med lätta jordar. Vinterkyla är ogynnsamt för den vanligen tvååriga växten då den lilla plantan riskerar att frysa bort. Ofta växer knippnejlika skyddat i kanten av skogsbryn eller busksnår. Växten är inte kalkberoende men flera av de öländska lokalerna är tydligt kalkpåverkade. Knippnejlika är starkt kulturgynnad och växer på vallen till bevattningsdammar, i vägrenar, åkerkanter och längs diken. Den hittas även i måttligt hävdade och stäppartade torrängar, betade strandängar samt slåtterängar. Sällsynt är den noterad i ruderatmiljöer (gammalt sandtag respektive en nedlagd soptipp).

Knippnejlika är främst funnen på västra sidan av mellersta Öland med flest fynd i Räpplinge och Vickleby sn. Den förefaller långlivad på sina lokaler. I Borga hage, Räpplinge sn, har den funnits sedan början av 1800-talet liksom i området Vickleby–Karlevi. Knippnejlika är beroende av att växtplatsen hålls öppen och fri från högväxta grannar. När vegetationen sluter sig konkurreras arten ut och försvinner. Dagens utbredningskarta stämmer förvånansvärt väl med Sterner (1986) och ingen förändring ses i statistiska analyser (Frescalo och Telfer).

Gammal, bofast.