Brunskära är troligen ursprunglig i obetade skogskärr och längs bäckar i ädellövskogar; i dagsläget finns få fynd från dessa miljöer. I stället växer den främst på fuktig–våt, kväverik mark, gärna på av betesdjuren trampade, gyttjiga ställen. Många lokaler ligger utmed kusten där den ses på tångvallar, i utflöden på havsstranden, avsnörda sötvattenslaguner eller sumpiga partier som däms upp av gamla strandvallar. Någon gång växer den påfallande torrt på klapperstensvallar. Brunskära är kulturgynnad och växer vid dammar, diken, vattenhål, i sumpiga åkrar och gamla torvtäkter. Den utvecklas väl på kraftigt kvävepåverkade lokaler som gödselhögar, utfallsdiken från lantbruk samt avluftningsdammar för avlopp.

Redan Rikard Sterner anmärkte att växten var vanligast på sydvästra Öland men ovanlig i de östra socknarna, ett mönster som känns igen än idag. Förr fanns flera lokaler utmed Köpingsbukten men numera bjuds besökare där i stället på välstädade sandstränder. På Stora Alvaret är den ovanlig men ses vid ett par alvarträsk. Sammantaget några minus och några plus. Brunskära har gynnats av eutrofieringen av landskapet samtidigt som upphört strandbete varit ogynnsamt. Vår bedömning är att den ökat något jämfört med Sterner (1938). Jämfört med Sterner (1986) ses en antydd minskning i statistiska analyser (Frescalo); vår bedömning är att den är ungefär oförändrad sedan Sterner (1986).

Gammal, bofast.