Krustistel växer på torr till måttligt torr, närings- och kväverik, naken jord. Den påträffas numera främst på ogräsmark vid gårdar och annan bebyggelse, på dikesrenar, vägkanter, industrimark, utfyllnader och avfallsplatser. För ett århundrade sedan förekom den däremot främst som åkerogräs. Miljöväxlingen sammanfaller med en tydlig frekvensökning – i mitten av 1800-talet förekom krustisteln endast ´här och där´ (Scheutz 1864) i områden där den nu är vanlig.
Funnen i 782 rutor; tidigare uppgifter från 138 rutor. Vanlig på höglandet och söderut till Alvesta och Växjö; ganska sällsynt i väster, i nordväst och mot gränsen till Blekinge; i övrigt ganska vanlig. – Gammal kulturföljeslagare.