Klockpyrola växer i regel på frisk till fuktig, lätt beskuggad mark av ganska olika karaktär. Dels förekommer den i skogsmark; det kan röra sig om gles, örtrik löv- eller blandskog, gammal mossig granskog eller tallskog i åssluttningar. Dels växer den på inägorna i det gamla odlingslandskapet, i slåttermark och naturlig betesmark (både öppen betesmark och glest trädbevuxna hagar) samt i dess olika igenväxningsstadier. Den uppträder också ofta i brytningszoner, nära sjöar, skogstjärnar och vattendrag, vid övergången till skogskärr, i skogsvägskanter och utmed stigar; någon gång kan den växa i starkt kulturpräglad vegetation som på igenlagda åkrar eller banvallar.
Arten uppträder ganska olika i olika delar av landskapet. I norr och nordost dominerar skogslokalerna starkt över sådana på öppen mark (73 fynd i skogsmark mot 15 på öppen mark av olika slag) medan förhållandet är det omvända i västra och södra Småland (32 fynd i skogsmark mot 48 fynd på öppen mark, främst hagmark).
På skuggiga lokaler (i skog och i igenväxande ängs- och hagmark) är bestånden ej sällan små och individfattiga och blomningen uteblir ofta. I öppen hag- och ängsvegetation brukar den däremot blomma rikligt. Dessa iakttagelser antyde att klockpyrolan som skogsväxt är bäst anpassad till gles, ganska hårt betad skog.
De miljöer där klockpyrolan trivs har börjat bli ovanliga. Växtplatserna bör hållas relativt öppna och åtgärder som torkar ut marken undvikas.
Funnen i 455 rutor; tidigare uppgifter från 157 rutor. Utbredningen är ojämn och svårförklarlig. Vanlig i nordöstra och delar av inre östra Småland, ganska vanlig i ett stråk i väster. I resten av landskapet sällsynt. Arten kan delvis vara förbisedd eftersom den sällan blommar (den är dock fullt igenkännlig på de brett rundade, matta bladskivorna och de breda, platta bladskaften, T. Karlsson 1988). – Ursprunglig.