Vattenklöver är beståndsbildande på grunt vatten i sjöar och längs vattendrag samt i blöta, genomsilade kärr, t.ex. vid skogsbäckar. Arten kan växa såväl i kalkrik som mycket kalkfattig miljö. Vid tjärnar och myrgölar bidrar den genom sina vågräta, luftfyllda jordstammar till att bilda gungflyn tillsammans med framför allt kråkklöver Comarum palustre och missne Calla palustris. Vattenklöver tillhör framför allt naturbiotoperna men kan även uppträda i diken, torvgravar och dammar.
Funnen i 1351 rutor; tidigare uppgifter från 344 rutor. Mycket vanlig i nästan hela Småland; ovanlig endast i själva kustbandet och i skärgården. – Ursprunglig.