Pepparrot härstammar från Ukraina och södra Ryssland. Den har odlats som krydd- och medicinalväxt, troligen sedan medeltiden – den fanns i Nils Linnaeus’ trädgård i Älmhult Stenbrohult (Linné ms 1735 under namnet Armoracia, på svenska pepperrot). Arten står kvar i gårdskanter och vid ödetorp, på utkast och tippar och förvildar sig till vägkanter, bryn, renar, bangårdar och skräpmark. Den föredrar frisk eller fuktig, näringsrik jord. I diken och vid åar utvecklas den särskilt väl och bildar ibland stora bestånd.
Funnen i 1181 rutor; tidigare uppgifter från 99 rutor. Vanlig, i nordväst dock endast ganska vanlig. – Förvildad, säkert sedan gammal tid; bofast.