Bergkorsört växer på mycket torr till måttligt torr, oftast näringsfattig, mullrik eller sandig jord. Den anträffas på berghyllor och hällar även längst ut på skärgårdsöarna. I vanlig skogsmark finns den i markens fröbank, och den slår upp kraftigt på hyggen, där den utnyttjar det frigjorda kvävet och ofta dominerar något år innan mjölke Epilobium angustifolium och kruståtel Deschampsia flexuosa tar över. Förr i tiden växte den ofta på svedjelanden.
Man finner även bergkorsört på platser med gles vegetation kring gårdar, i åkerkanter och grustag, på vägkanter och skräpmark, däremot mera undantagsvis som trädgårdsogräs.
Kanske har arten ökat under 1900-talet som en följd av det omfattande kalhyggesbruket. Scheutz (1864) bedömde den som ´icke sällsynt´ i inre Småland. Hade den uppträtt med dagens frekvens borde den ha kallats ´allmän´.
Funnen i 1402 rutor; tidigare uppgifter från 178 rutor. Mycket vanlig. – Ursprunglig.