Backtimjan växer öppet på grusåsar och sandfält eller, men sällan, på hällmarker och i bergbranter. Den uppträder på torrare underlag än stortimjan T. pulegioides och är mer bunden till väldränerad jord – grus och sand – än denna. Vanligast är den på torr gräsmark med stort inslag av fårsvingel Festuca ovina, men den finns även i örtrikare torrängar och rishedar. Backtimjan kräver ett glest och lågvuxet växttäcke och kan ibland bilda täta mattor. Den är starkt betes- och trampgynnad och dör ut om marken växer igen eller gödslas.
Funnen i 435 rutor; tidigare uppgifter från 187 rutor. Vanlig i sydost och i anslutning till Emån, Lagan och Nissan (som alla omges av väldiga sandavlagringar), i övrigt sällsynt. – Ursprunglig.