Bäcknate är i Norden en sydvästlig art; gränsen för allmän förekomst går genom mellersta Västergötland och norra Småland. Den växer i grunt, näringsfattigt, järnhaltigt och starkt brunfärgat vatten – mindre åar, bäckar, myrhöljor, kärrdråg och försumpade sjöstränder. Man finner arten även i mycket små vatten, t.o.m. i de diminutiva fördjupningarna vid rotvältor, och den är vanlig i kulturskapade miljöer som dammar och diken. Dess lokaler torkar ofta ut på eftersommaren.

Det är möjligt att bäcknate har ökat i frekvens och utbredning i de östra och norra delarna av landskapet sedan mitten av 1800-talet. Scheutz (1864) skrev: ´Vestra Smål. … ymnig och allmän i alla bäckar, föröfrigt sälls.´ med uppräkning av ett par östliga lokaler. Om utbredningen då hade varit dagens hade han knappast uttryckt sig så. Troligen har sjösänkningar och myrdikningar kring och efter sekelskiftet 1900 i hög grad befrämjat artens trivsel; kanske har även det allt mildare klimatet spelat in.