Sjönajas, som växer på lösbottnar i mineralnäringsrika insjöar, är en av den svenska florans största rariteter. Efter 1980 var den bara sedd på två svenska lokaler (Hammarsjön i Skåne och Södra Kärrlången i Södermanland), men i augusti 2005 fann Maria Carlsson och Matilda Apelqvist den i Södra Vixen i Eksjö Höreda (6E7j). När Maria Carlsson och Margareta Edqvist senare undersökte förekomsten närmare visade sig arten växa glest på drygt tre meters djup i den aktuella viken. På växtplatsen var bottnen mjuk och vegetationen sparsam. Där fanns också hårslinga Myriophyllum alterniflorum, höstlånke Callitriche hermaphroditica och vattenpest Elodea canadensis samt enstaka trubbnate Potamogeton obtusifolius (M. Carlsson 2005). Belägg finns i S.

Under 1900-talet har sjönajas funnits i ytterligare fem sjöar i Skåne och en i Södermanland, och tidigare uppgifter finns dessutom från Göteborgstrakten och Uppland. De hårdskaliga fröna bevaras i bottenavlagringar, och man vet att växten hade en stor utbredning i södra Sverige under boreal tid (7500–6000 år f.Kr.; Backman 1948, Sandegren 1941). De sentida fynden har ofta uppfattats som relikter, men de kan också, helt eller delvis, vara ett resultat av spridning i sen tid, till exempel i samband med sjöregleringar. – I Småland har fossilfynd gjorts på flera lokaler i Kalmar län samt i Jönköping Öggestorp; avsaknaden av fynd från större delen av inlandet beror nog på att lämpliga, näringsrika lokaler aldrig har funnits.