Knärot växer främst i äldre skog. Den ses oftast i gles blåbärsskog på väldränerade, lätta jordar i kuperad terräng men kan påträffas i många andra typer av barrskog, från fuktig, mossig granskog till torr tallskog på åssluttningar. Ofta växer den tillsammans med linnea Linnaea borealis och grönpyrola Pyrola chlorantha. Arten nyetableras främst där markskiktet har brutits, t.ex. vid block eller i rotvältor. Den visar en viss förkärlek för gamla kolbottnar.

Knäroten hotas av ett hårt bedrivet skogsbruk. Jordstammen kryper i markytan alldeles under mosstäcket, vilket gör arten känslig för uttorkning t.ex. vid kalhuggning. I sydvästra Småland, på platser där granen vunnit insteg i tallbestånden och gjort trädskiktet tätare, har knäroten gått tillbaka under 1900-talets sista årtionden. På de ljusöppna grusåsarna finns den dock i livskraftiga bestånd.

Knäroten är inte nationellt rödlistad men betraktas som hotad i Östergötlands län.