Luden johannesört växer i halvskugga på mull- och kalkrik mark. Den är funnen i ädellövskog, annan lövskog och hassellundar men är ovanlig i barrskog. Ofta växer den längs skogsvägar, i gläntor eller andra ljusöppningar i skogen. Den är relativt vanlig längs de åkerkanter (uppodlade före detta ängar) som gränsar till lövskogen. Luden johannesört är beteskänslig men funnen i några slåtterängar.

Luden johannesört är spridd inom Mittlandet och västra kustskogen, främst i Räpplinge och Högsrum sn. På södra Öland är den funnen i större skogsdungar som Asplunden, Hulterstad sn och Stora Dalby lund, Kastlösa sn. En sydlig utpostlokal finns i Albrunna lund, S. Möckleby sn. För övrigt saknas den på sydöstra Öland och det blir glest mellan fynden norr om Borgholm. Längst uppe i norr, Böda sn, saknas luden johannesört. Rimligen borde där det finnas lämpliga miljöer i en del rikare lövskogar, ängsgranskogar och hassellundar. I Sterner (1938) finns tre noteringar i Böda sn. Luden johannesört är idag funnen i färre socknar trots den förbuskning och beskogning som skett av landskapet. Men dagens skogar är ofta alltför mörka medan gårdagens extensiva skogsbete och ängsbruk som gav upphov till luckiga skogar var något som passade växten bra.

Gammal, bofast.