Bäckmärke växer på lerigt underlag och helst i rinnande sötvatten som åtminstone är måttligt näringsrikt. Vanliga växtmiljöer är bäckar, kanaler och större diken. Den kan även växa vid sötvattensutflöden på havsstränder, i vattenfyllda stenbrott och dammar, längs källflöden och i fuktängar. Sällsynt är den noterad från alsumpskogar.

Bäckmärke har expanderat och bland annat koloniserat de många kanaler och diken som numera drar fram genom odlingslandskapet. I Sterner (1938) finns endast fyra lokaler karterade norr om en linje mellan Färjestaden–Gårdby; idag rör det sig om minst ett 30-tal. Liksom förr är bäckmärke vanlig på sydvästra Öland; därtill har flera nya lokaler tillkommit på sydöstra Öland. En ökad näringstillgång i landskapet har gynnat bäckmärke. En viss ökning jämfört med Sterner (1938) ses i statistiska analyser (Telfer).

Bäckmärke har frön som är anpassade att spridas med vatten. Fröna har stora, luftfyllda celler som gör att de kan flyta i väg och bilda nya bestånd nedströms längs ett vattenflöde (Jonsell & Karlsson 2010).

Gammal, bofast.