Skogsknipprot växer helst i halvskugga på frisk, gärna kalkrik mark i rikare löv- eller barrskogar, påfallande ofta även i hässlen. Den är främst rapporterad utmed skogsvägar, diken eller stigar; ibland ses den i gamla sandtag, åkerkanter och slåtterängar. Några gånger är den funnen växande solöppet i kalkrik sand. När ingrepp görs såsom röjningar i skogen eller tillskapande av cykelbanor kan den dyka upp som pionjärväxt.

Skogsknipprot följer i stort utbredningen av något rikare skogar på Öland. Liksom förr saknas den helt på det skogfattiga södra Öland. Förr hade den en fristad i de små skogsdungar som lämnats i det hårt brukade åkerlandskapet på sydvästra Öland. Idag har dessa dungar endera vuxit igen och blivit alltför täta eller avverkats och därmed har skogsknipprot försvunnit. Jämfört med Sterner (1938) ses en viss minskning i statistiska analyser (Frescalo).

Skogsknipprot är mångformig vilket antyds redan av Hylander (1966). I en artikel om knipprötter i Skåne beskrivs två underarter av skogsknipprot (Birkedal & Kreutz 2009). Tallknipprot subsp. orbicularis växer solöppet i glesa tallskogar på kalkrik grund. Blommorna är mer eller mindre grönvita–gulaktiga och blomningen sker redan i juli. Det nedre stjälkbladet saknar utdragen spets och är i stället avrundat. Dylika plantor har noterats bland annat på den gamla banvallen öster om Gårdby sandhed, Gårdby sn. Vanlig skogsknipprot subsp. helleborine har blommor med inslag av rött, den växer i mullrika skogar, har stjälkblad med utdragen spets och blommar senare (slutet juli–augusti). Denna beskrivning stämmer på de flesta skogsknipprötter som växer på Öland. Det återstår att visa om de iakttagna skillnaderna är reella eller betingade av olika växtmiljöer. Sällsynt kan skogsknipprot sakna klorofyll och förekomma i en helvit form (Klefbäck 2016).

Gammal, bofast.