Skogsklöver växer i glesare skogar, både löv- eller barrskog, där den främst återfinns i bryn, utmed skogsvägar och stigar. Den kan också växa i åkerkanter, måttligt betade torrängar och slåtterängar. Sällsynt är den funnen på havsstrandängar och i ruderatmiljöer.

Skogsklöver är vanligast i Mittlandet, västra kustskogen och skogar i de fyra nordligaste socknarna: Böda, Högby, Källa och Persnäs. Växten saknas nästan helt på det skogfattiga sydöstra Öland, något som även noterades i Sterner (1938). Det är svårare att förstå avsaknaden av fynd från socknarna strax norr om Borgholm men kanske saknar de skoglig kontinuitet? Delvis kan bristen på fynd förklaras av lägre inventeringsintensitet men även Rikard Sterner misslyckades med att finna skogsklöver i området. På Stora Alvaret är växten främst funnen i skogsdungar och på svagt betade torrängar med lite mäktigare jordtäcke. Varför skogsklöver har minskat jämfört med tidigare är svårt att förklara. Viss igenväxning och ökad beskogning borde i stället ha gynnat arten men kanske är dagens skogar alltför mörka och skuggiga för att vara optimala för skogsklöver.

Skogsklöver och rödklöver T. pratense är inte alltid lätta att skilja åt. Även rödklöver kan ha skaftade blomhuvuden och liknar då skogsklöver. Man har då nytta av att studera växtsättet. Skogsklöver har krypande jordstammar och bildar större bestånd med rakt uppåtstigande, lite sicksackböjda stjälkar som kommer upp en och en. Rödklöver växer i tuvor där alla de bågböjda stjälkarna kommer från en och samma punkt. Vill man vara säker studerar man stiplerna. Hos skogsklöver är stiplerna långa och jämnt avsmalnande med en utdragen spets. Hos rödklöver är de korta och breda, hastigt avsmalnande med en liten spets.

Gammal, bofast.