Harmynta förekommer i södra och mellersta Sverige, främst i kalkrika områden. På Öland växer den på torr, kalkrik mark som är hävdad genom bete. Den är vanlig på alvarets torrängar men klarar även att växa i den extrema miljö som grusalvarets uppfrysningsmark erbjuder. Ibland hittas den i karster eller gräsfyllda sprickor i kalkstenen. Harmynta växer i betade sandgräshedar, i sjömarken på de sandiga, glest gräsbevuxna gamla strandvallarna. I fuktängen klarar den att växa uppe på tuvorna. Gamla sandtag och stenbrott kan också hysa harmynta. Harmynta kan sällsynt växa på klapperstensvallar vid havet, där annan vegetation saknas. När harmynta påträffas i ruderatmiljöer växer den ofta på tippade högar med kalksten.

Harmynta är vanlig och spridd över hela Öland. Speciellt frekvent är den på Stora Alvaret där den finner många lämpliga växtmiljöer. Växten har också hittat till de småalvar som finns över en stor del av ön. Men även utanför den egentliga alvarmarken är arten påfallande vanlig. Intressant nog saknas den i princip väster om väg 136, från Borgholm i norr och söderut till Ås sn. Berggrunden består där till övervägande del av sandsten och skiffer som överlagrats med sand och grus, ofta med en lägre kalkhalt. Detta bidrar till att harmynta blir fåtalig i området.

Gammal, bofast.