Vattenskräppa växer i något näringsrikt sötvatten, ibland i brackvatten, men tål inte kraftigt förorenat vatten. På Öland är den sedd i kärr som ofta är strandnära, alvarträsk, sumpskogar, diken, vassområden i brackvatten samt sötvattensutflöden på havsstränder.

Vattenskräppa är fortfarande sällsynt på Öland men har ökat sedan Sterner (1938). Den ses främst på sydvästra Öland, från Vickleby sn och söderut till S. Möckleby. Orsaken till ökningen är svår att förklara. Kanske är den inkommen till Öland ungefär när primärfyndet gjordes och har inte ännu hittat alla lämpliga lokaler? Samtidigt har den försvunnit från några äldre lokaler, bland annat primärlokalen vid Gladvatten, Högsrum sn. Vattenskräppa gynnas av bete eftersom kreaturen ratar den, något man tydligt såg i Beijershamn, Vickleby sn, när området röjdes och betesdjuren återkom. Men efter några år var växten nästan borta, kanske betesdjuren tramp skadat den? Där man förr såg vattenskräppa i området öster om stenpiren växer idag stora mängder kotula Cotula coronopifolia.

Gammal eller inkommen, bofast.