Johannesnycklar förekommer i Sverige främst på Öland, Gotland och i nordöstra Skåne. Den växer på frisk, kalkrik mark och klarar både solöppna och lätt beskuggade lägen. Den missgynnas av hårt betestryck men klarar slåtter, speciellt om den inte sker alltför tidigt på säsongen. Den högväxta och kraftiga orkidén står även ut med ett visst mått av igenväxning. Vanliga växtmiljöer är måttligt betade friskängar, kanten av skogskärr, skogsgläntor och den ses även i Ölands få kvarvarande slåtterängar. Johannesnycklar är inte främmande för starkt kulturpåverkade miljöer och dyker upp vid grävda bevattningsdammar, i diken, vägrenar, gamla sandtag och stenbrott, åkerkanter och nyligen övergivna åkrar, nyröjda betesmarker och naturtomter.

Johannesnycklar har många förekomster inom Mittlandet med dess mosaik av växtmiljöer som passar växten som hand i handske. Även östra sjömarken och västra stenkusten hyser en hel del lokaler. Fläckvis är den också vanlig på Stora Alvaret där den undviker områden med fårbete. Johannesnycklar saknas i de kalkfattiga barrskogarna längst i norr, Böda och Högby sn. Som lite av en opportunist är den snabb på att utnyttja lämpliga lokaler i odlingslandskapet. Rikard Sterner hade få lokaler på Stora Alvaret som då troligen var alltför hårdbetat för orkidén. Jämfört med Sterner (1938) ses en antydd minskning i statistiska analyser (Frescalo) medan vår bedömning är i princip oförändrad.

Ibland förekommer johannesnycklar med helvita blommor utan någon som helst färgteckning.

Gammal, bofast.