Dvärgjohannesört förekommer i södra Sverige i Bohuslän, Västergötland, Halland, Skåne, Blekinge och Kalmar län. Den växer solexponerat på fuktig, bar och kalkfattig mark, ofta på tydligt kulturpåverkade lokaler. Dvärgjohannesört är funnen vid ett tillfälle på Öland i kanten av ett nyrensat dike med gles vegetation. Kanske var det en slumrande fröreserv som aktiverades vid ingreppet? Arten är eftersökt i sen tid utan återfynd.

Ytterligare ett fynd av dvärgjohannesört finns från Öland men omständigheterna runt det är oklara. Belägget är granskat och det visar verkligen dvärgjohannesört. Kanske kommer det från något annat landskap? Men uppgiftslämnaren har detta år samlat flera belägg som bör vara från Öland exempelvis ullranunkel Ranunculus illyricus, gulkronill Hippocrepis emerus och ölandssolvända Helianthemum oelandicum, alla med Borgholm som fyndort.

Inkommen eller gammal, tillfällig.