Stor kustruta anses i Sverige spontan endast på Gotland. Växten odlas ibland och kan vara kvarstående eller utkommen med trädgårdsavfall. Stor kustruta är funnen vid ett tillfälle i busksnår tillsammans med andra trädgårdsflyktingar. Ett äldre belägg finns men det framkommer inte om den odlats på platsen.

Tillfälligt utkommen.