Gropnate växer i grunt, gärna näringsrikt sötvatten på dyig eller sandig botten. Den är funnen i kraftigt kulturpåverkade miljöer som grävda bevattningsdammar och vattenhål, större diken, gamla vattenfyllda stenbrott och sandtag. Endast vid enstaka tillfällen är arten funnen på naturliga lokaler; ett källflöde på Stora Alvaret respektive en vik i Hornsjön.

Gropnate har spridda fynd över större delen av Öland. Vanligast är arten på den jordbruksintensiva sydvästra delen av ön där många bevattningsdammar erbjuder lämpliga lokaler. Gropnate var förr inte urskild från spädnate P. pusillus men det framstår ändå som klart att arten haft en exempellös framgång; ökningen kan förväntas fortsätta i takt med att nya bevattningsdammar tillskapas.

Gropnate skiljs från den närstående spädnate P. pusillus på de två små glandler som sitter vid bladfästet. Bladets mittnerv är inte så framträdande, på ömse sidor av mittnerven löper ljusa band (lakuner) och snärpslidan är helt öppen. Spädnate saknar glandler vid bladfästet, bladen är styvare med en tydlig mittnerv som buktar ut på undersidan, ljusa band saknas utmed mittnerven och snärpslidan är hopvuxen i den nedersta delen (Schou 2017).

Gammal, bofast.