Vattenveronika växer på våt, öppen mark, som gärna får vara kalk- och näringsrik. På Öland uppträder den sällsynt i större diken, bevattningsdammar, källor och kärr. Den förefaller vara knuten till lokaler som håller vatten under en stor del av sommaren. I Sterner (1938) uppges den kunna växa i utspätt brackvatten men detta är inte noterat under inventeringen.

Vattenveronika är en ovanlig art på Öland som förefaller ha minskat något. De flesta av öns vattendrag är tillfälliga och torkar ut under sommaren. Idag återfinns de flesta lokaler inom Mittlandet och nära Hornsjön, trakter som inte är lika torrlagda som övriga Öland. Möjligen kan den vara förbisedd och förväxlad med dikesveronika V. catenata, den senare är betydligt vanligare på Öland; för skiljekaraktärer se dikesveronika. Den utdikning med fortgående dränering som skett av landskapet har missgynnat vattenveronika. Jämfört med Sterner (1986) ses ingen förändring i statistiska analyser (Frescalo och Telfer); vår bedömning är en viss minskning.

I äldre floror skildes inte vattenveronika från dikesveronika. Först med Murbeck (1886) blev man medveten om existensen av två taxa.

Gammal, bofast.