Bägarnattskatta härstammar från Sydamerika och är en senkommen invandrare. Till Sverige har den troligen förts in med utsäde. Växtplatserna ska helst vara öppna med kväverik jord. Ofta ses den i åkrar med grödor som potatis, jordgubbar, bruna bönor, fodermajs eller på mark som ligger i träda. Bägarnattskatta växer även på jordtippar, som trädgårdsogräs och på havssträndernas tångvallar. Ibland hittas den i kvävepåverkade betesmarker, vägkanter och nysådda gräsmattor.

Bägarnattskatta har på kort tid lyckats etablera sig på Öland med första säkra fynd 1986. Speciellt anmärkningsvärt är de rika bestånden nere vid södra udden, Ås sn, där kilometervis av sandstranden på den så kallade Sandviksreveln är täckt med bägarnattskatta. Utbredningen visar att arten är vanligast på västra delen av Öland, från Borgholm i norr till Ås sn i söder. På östra sidan av Öland och längre norrut är det än så länge glesare med fynd. Troligen kommer en fortsatt expansion att ske.

Bägarnattskatta känns igen på sina ljusgröna, tandade blad. Växten har rikligt med glandelhår och saknar lukt. Fodret tillväxer efter blomningen och omsluter delvis frukten. Vid några tillfällen har plantor med tydligt ljusblåa blommor noterats. Den närstående klibbnattskatta S. sarracoides är inte funnen på Öland. Denna har fler frön i frukten, längre foderflikar, färre blommor i klasen och en tomatlik lukt (Bringer 1997). Utan frukt kan bägarnattskatta även förväxlas med hårig nattskatta S. nigrum subsp. schultesii.

Sent inkommen kulturföljeslagare, bofast.