Nejlikrot växer framför allt på starkt kulturpräglad, ofta ganska torr mark, t.ex. betesmark (gärna vid buskage), åkerrenar, gator och vägkanter, ostädad mark vid gårdar samt industri- och skräpmark. Men den förekommer även på mera naturliga växtplatser, i halvskugga på frisk, mull- och förnarik jord, exempelvis i blockiga lövskogar och dungar, gärna med ädla lövträd och hassel, i ekbackar, lövbryn och snår, på klipphyllor och block.

Arten är kvävegynnad och ökar vid ohävd. Den har troligen blivit vanligare under 1900-talet.