Kärrsilja växer på våt eller fuktig jord, både i näringsfattig och näringsrik miljö. Den trivs såväl på gungflyn som på sanka mader och på grusstränder. Vanligast är den vid stränderna av sjöar, vattendrag, skogstjärnar och myrgölar. Vid havet finner man den i fuktsänkor med mullansamling och i hällkar (även i ytterskärgården). Ibland anträffas den i örtrik, översilad sumpskog. I odlingslandskapet förekommer den vid diken och dammar.
Funnen i 1405 rutor; tidigare uppgifter från 366 rutor. Mycket vanlig. – Ursprunglig.