Knölsyska växer på fuktig eller våt jord. Den påträffas både vid havs- och sötvattensstränder, dels i själva strandkanten och på driftvallarna, dels i strandängens nedre del. Den är inte heller sällsynt på näringsrika mader, i kärrkanter och alsumpskogar samt vid diken. Dessutom förekommer arten som ett (framför allt förr) besvärligt ogräs i åkrar, trädgårdar och betesmarker; som ogräs växer arten särskilt på platser med stagnerande markvatten men även relativt torrt. Den återfinns även på avfallsplatser.
Funnen i 1152 rutor; tidigare uppgifter från 199 rutor. Vanlig i stora delar av landskapet, men bara ganska vanlig i östra Kronobergs län samt i östra och nordvästra Jönköpings län. – Ursprunglig.