Flaskstarr växer i och vid vatten, oftast men ej uteslutande i näringsfattiga miljöer. Den förekommer vid flacka stränder av sjöar, åar och bäckar men också i dråg, laggkärr, skogskärr, dödisgropar och floar samt vid gölar och större hällkar. Också på gungflyn kan arten bilda vidsträckta bestånd. Den uppträder även i våta eller fuktiga ängar, diken, vattningshål och torvgravar.